世界园艺博览会中开设药草园是99昆明世博会的首创。药草园把中华民族五千多年来所积累的宝贵文化遗产一-中医药与云南丰富多彩的药用植物有机地结合起来，用园林的形式向国内外参观者展示中医药的特色和内涵。药草园在设计上体现了中国传统的江南园林风格，表现出立体山水画模式以名贵珍稀草药、常用中药种植为主，力求体现“棵棵是药草，株株能治病，月月有花开，步步是景观”的建园宗旨，并形成文化、生态和传统园林一种景观，紧扣“人与自然”的世博主旨。药草园的布局分为:全国珍稀名贵药区、云南特产药区、常用中药区、民族药区、药用花卉区等。全园种植超过430种药草，其中珍稀名贵药用植物有人参、三尖杉、银杏、杜仲、红豆杉、龙血树等;云南特产药用植物有三七、天麻、当归等;常用药用植物有厚朴、黄柏、黄连、首乌、大黄等;民族民间药用植物有八角枫、接骨丹、倒提壶等;药用花卉有金桂、玫瑰、月季等。

药草园内有一幅用药用植物拼成的太极图图案。中医学吸取了《易经》和道家学说“““天为阳、地为阴”的观点。太极图证明了我国中医学历史的悠久。在图后有一个小坡，名曰“””百药山”，顾名思义，这里种植了上百种药草。在“百药山”一侧是一个大型葫芦框架，叫“药葫芦””。在古代，葫芦与铜铃是郎中的形象代表。每个葫芦里都装有治病的药物，后来随着社会的发展和时代的进步，药葫芦逐渐被药箱所取代。